成本較高：一步法免染 SDS-PAGE 凝膠快速制備試劑盒由于包含預(yù)混試劑、特殊免染染料等，研發(fā)和生產(chǎn)成本較高，導(dǎo)致市場售價相對昂貴。對于一些預(yù)算有限的實驗室或大規(guī)模常規(guī)實驗，使用該試劑盒會大幅增加實驗成本。而傳統(tǒng)方法中，科研人員可自行采購基礎(chǔ)試劑進行凝膠配制，在原材料成本控制上更具靈活性，長期使用下成本更低。

部分實驗適用性受限：免染技術(shù)雖然方便快捷，但在某些特定實驗中存在局限性。例如，對于低豐度蛋白質(zhì)的檢測，傳統(tǒng)染色方法如銀染具有更高的靈敏度，能夠檢測到含量極少的蛋白質(zhì)。而一步法免染試劑盒中的染料，在檢測低豐度蛋白質(zhì)時，可能因信號較弱而無法準確呈現(xiàn)，導(dǎo)致漏檢。此外，若實驗需要對蛋白質(zhì)進行后續(xù)的質(zhì)譜分析，傳統(tǒng)染色方法（如考馬斯亮藍染色）在脫色后對蛋白質(zhì)的影響較小，不干擾質(zhì)譜鑒定；但免染試劑盒中的染料可能會與蛋白質(zhì)緊密結(jié)合，影響質(zhì)譜分析的準確性和靈敏度。

缺乏實驗靈活性：傳統(tǒng) SDS-PAGE 凝膠制備方法允許科研人員根據(jù)具體實驗需求，靈活調(diào)整凝膠濃度、緩沖液配方等參數(shù)。例如，針對不同分子量范圍的蛋白質(zhì)樣品，可精確配制合適濃度的凝膠，以達到最佳分離效果；在緩沖液中添加特定成分，還能研究蛋白質(zhì)在特殊環(huán)境下的分離特性。而一步法免染試劑盒的預(yù)混配方相對固定，雖然能滿足大部分常規(guī)實驗，但在應(yīng)對一些特殊實驗需求時，無法像傳統(tǒng)方法那樣自由調(diào)整，限制了實驗的靈活性和創(chuàng)新性。

染料兼容性問題：一步法免染 SDS-PAGE 凝膠快速制備試劑盒中的免染染料與部分后續(xù)蛋白質(zhì)分析技術(shù)的兼容性可能存在問題。例如，當實驗后續(xù)需要使用特定熒光標記抗體進行蛋白質(zhì)檢測時，免染染料的熒光特性可能會與標記抗體的熒光產(chǎn)生干擾，影響熒光信號的檢測和分析。相比之下，傳統(tǒng)方法在染色步驟中，可根據(jù)后續(xù)實驗選擇合適的染色方式，有效避免此類兼容性問題。

保質(zhì)期與儲存要求嚴格：該試劑盒中的部分成分，尤其是免染染料和聚合相關(guān)試劑，對儲存條件要求較為嚴格，通常需要低溫保存，且保質(zhì)期相對較短。若儲存不當或超過保質(zhì)期，可能會導(dǎo)致凝膠聚合異常、染料失效等問題，影響實驗結(jié)果。而傳統(tǒng)方法中使用的基礎(chǔ)試劑，如聚丙烯酰胺、Tris 等，在正確儲存條件下保質(zhì)期較長，對儲存環(huán)境的要求相對寬松，更便于管理和使用。